يعتبر قسم الجراحة أحد أهم اقسام كلية الطب الرئيسية حيث تبدى الطالب بأخذ بعض المبادئ الاساسية نظريا و عمليا خلال سنوات الكلية الاولى ثم يفرد للجراحة مقررين لدراستهما بتعمق اكثر و يكون الدراسة فيها مبنية على التعليم السريري و يصاحبه بعض المحاضرات و حلقات النقاش ثنائية الأداء و هذا مما ينعكس على اداء الطالب بشكل إيجابي و رائع في عملية استحضار و استظهار المعلومة و مزجها مع الخبرة السريرية لتكوين خطة علاجية ناجحة للمريض

كما يقدم قسم الجراحة مقررات طب و جراحة العيون و جراحة الانف و الأذن و الحنجرة

و يضم قسم الجراحة بكلية طب نجران التخصصات و الفروع التالية

·         الجراحة العامة

·         التخدير

·         جراحة الاطفال

·         جراحة الأوعية الدموية

·         جراحة المسالك البولية

·         طب و جراحة العيون

·         جراحة المخ و الأعصاب

·         جراحة التجميل

·         جراحة العظام

·         جراحة القلب و الصدر

و يضم قسم الجراحة نخبة من الأساتذة المتخصصين و المعيدين المبتعثين