قسم التعليم الطبي هو قسم حديث تم إنشاءه عام 2020، بعد أن كان في السابق وحدة تتبع لوكيل كلية الطب للشؤون التعليمية. 

يهدف قسم التعليم الطبي لتنفيذ رسالة و أهدف كلية الطب و جامعة نجران، وفي ظل التغير المستمر والتطور المتزايد مع مرور الوقت في مجال التعليم الطبي، تزداد الحاجة لمواكبة هذا التغير والتطور بشكل مستمر ومتزامن. وذلك لتكون المخرجات على قدر من الكفاءة العالية  و في مستوى نظائرها على المستوى المحلي والإقليمي والعالمي.
قسم التعليم الطبي يضم ثلاث وحدات رئيسية تشمل
1. وحدة التعليم الاإلكتروني
2. وحدة المناهج الطبية
3. وحدة الإختبارات والتقييم